平菇菌种的质量是影响产量的关键。优良的平菇菌种，菌丝粗壮抗病，能广泛适应多种代用栽培料，出菇早，菇形好，产量高。在选购菌种时，不但应选择菌丝生长快、抗逆性强、出菇早、产量高、香味浓的品种，还应了解该菌种对温度、营养、氧气、湿度、酸碱度等条件的要求，以作为栽培管理时的参考。此外，不同的栽培季节应使用不同温型的品种，若品种温型与栽培季节不符，将严重影响平菇的产量和质量，甚至导致绝收。现将平菇优劣菌种的特征介绍如下。
1. 优质菌种的特征：
（1）从外表看，袋内菌丝全部呈棉絮白色，粗壮密集，分布均匀，没有杂色菌丝，前端整齐，呈扇形发展。
（2）菌丝分解过的棉籽壳培养料变成黄褐色，木屑培养料变成白色至淡黄色，吃料到底，有朽木香味。
（3）菌种有平菇的特殊芳香味，用手按培养基时有弹性；掰菌种时不易碎。刚刚形成少量桑葚状的小菌蕾，菌龄25～40天，为优良菌种。
2. 劣质菌种的特征：
（1）菌丝生长缓慢无力，不均匀、不向下蔓延，或菌丝虽长满袋，但袋上部菌丝退掉，只剩下褐色培养料。
（2）菌丝发黄，表面产生一层菌膜（菌被），生长缓慢，表明菌种已退化。
（3）菌丝长满袋后，稀疏或成束发育不匀，上部出现粗的线状菌丝索。
（4）菌袋内出现褐色液体，这是老化的表现，虽然有时也能出菇，但产量很低且不易管理。凡是菌种内出现杂色斑点，暗白色、淡黄色的圆形或不规则形的颗粒状物，或不同菌丝的抑制线，都是感染了杂菌，均应立即抛弃。