1、在木包装箱运输周转过程中，由于气候、机械、生物、化学等因素的影响，会对木包装箱产生影响，所以，我们需要对木包装箱做一些防护措施，如防水防潮等，可以在木包装箱外侧再盖蓬布进行防雨、防日晒。 2、搬运前的准备工作以预防为主、有备无患，为了安全，不受损失，可根据不同情况，按产品规格大小、质量、路程的远近，选择合适的搬运方式。 3、装载货物不实，货与货之间有空隙，在运输途中造成货物之间互相碰撞、摩擦，所以装箱时尤为注意，可以在木包装箱内外侧放置纸屑、瓦楞纸、泡沫等防震材料或用金属弹簧悬挂，禁止货物在包装箱内或箱外窜动。
木包装箱变色的原因有很多： 1、木材霉变 发霉的木材会导致木制包装箱表面变色，变绿色、白色、黑色，偶尔也会变成其他颜色；而且木包装箱发霉变色常呈絮状或斑点状。其变色是由霉菌引起的，因为霉菌对环境和基物的适应性和忍耐力比兰变菌和腐菌要强，霉菌对化学药物的耐药性也很强，甚至与某些有毒性的化学药物接触时仍能生长，因此，在一些经过防腐处理的木制包装箱中仍然可以发现霉菌。 2、木材的化学变色 许多树种的木材都有一定的含水量。但是，当其含水率较高时或较长时间地暴露在潮湿的空气中会发生变色，木材中的色素、生物碱、糖类、酚类及其它有机物的氧化缩合反应，其中较为主要的是木材中酚类物质的氧化（酚类化合物具有苯环结构，易于被氧化），酚类化合物氧化前为无色，有些可溶于水;氧化后，生成不溶于水的缩合物，颜色为红色、红褐色、褐色，因此化学变色又称为氧化变色。
预防木包装箱变色的方法： 1、因光变色的预防方法，即隔断紫外线，隔绝氧气和捕捉游离基；改变吸光成分结构，破坏参与变色的物质结构，去除变色前驱物。 2、生物变色的预防方法，即改变或破坏适宜微生物或生物生存的温度、湿度、pH值等环境因子，如喷水保存、塑料密封和化学药剂处理等等，这些办法都可以或多或少地改变微生物生存环境，对木包装箱来说是一种保护。 3、化学变色的预防方法，即用漆膜涂覆等手段阻断外因，或用溶剂浸泡、化学处理等方法消除或改性木箱内部变色成分。