羊粪、猪粪、牛粪等都是比较好的有机肥原料，有机质含量高，但因为纤维含量少不易分解，使用时要经由充分腐熟发酵，高温杀灭病虫卵、菌和杂草种子，动物加工废弃物：加工废弃物，甚至是养殖废弃物等也能成为有机肥的原料，通常采用的是无公害生物降解法，药渣：药渣有阿维菌素渣、头孢渣、泰乐渣、青霉渣，药渣整体上蛋白等其他养分含量较高，价格属于中下等，使用后肥力效果较好，能够抵挡其他有害病菌，但原料活动性较大，不乱货源较少。
在密封的沼气池中，有机物腐解产生沼气后的副产物，包括沼气液和残渣，绿肥：利用栽培或野生的绿色植物体作肥料，如豆科的绿豆、蚕豆、草木樨、田菁、苜蓿、苕子等，非豆科绿肥有黑麦草、肥田萝卜、小葵子、满江红、水葫芦、水花生等，作物秸秆：农作物秸秆是重要的肥料品种之一，作物秸秆含有作物所必须的营养元素有N、P、K、Ca、s等，在相宜前提下通过泥土微生物的作用，这些元素经由矿化再回到泥土中，为作物吸收利用。
颗粒有机肥具有以下优点： 1.方便施用：颗粒状的有机肥料易于携带、储存和施用，能够实现精准投放。 2.营养均衡：颗粒有机肥经过加工和调节，可以具备较为均衡的营养成分，满足植物生长所需。 3.控释效果：颗粒有机肥中的有机质和养分释放速度相对较慢，能够实现长效供应，减少养分流失。 4.土壤改良：颗粒有机肥的施用可以改善土壤结构，增加土壤保水保肥能力，促进土壤微生物活动。
